Использование pytables, что более эффективно: scipy.sparse или numpy density matrix?

При использовании pytables нет поддержки (насколько я могу судить) для форматов матриц scipy.sparse , поэтому чтобы сохранить матрицу, мне нужно сделать некоторое преобразование, например

def store_sparse_matrix(self):
    grp1 = self.getFileHandle().createGroup(self.getGroup(), 'M')
    self.getFileHandle().createArray(grp1, 'data', M.tocsr().data)
    self.getFileHandle().createArray(grp1, 'indptr', M.tocsr().indptr)
    self.getFileHandle().createArray(grp1, 'indices', M.tocsr().indices)

def get_sparse_matrix(self):
    return sparse.csr_matrix((self.getGroup().M.data, self.getGroup().M.indices, self.getGroup().M.indptr))

Проблема в том, что функция get_sparse занимает некоторое время (чтение с диска), и, если я правильно понимаю, также требует, чтобы данные уместились в памяти.

Единственный другой вариант - преобразовать матрицу в плотный формат ( массив numpy ), а затем нормально использовать pytables . Однако это кажется довольно неэффективным, хотя я полагаю, что, возможно, pytables будут иметь дело с самим сжатием?

9
задан tdc 17 January 2012 в 13:07
поделиться