Да, вам нужно написать класс или использовать библиотеку, такую как JScience
Вам не хватает пакета devel из libxml2
$ cygcheck -p libxml/xpath.h
Found 7 matches for libxml/xpath.h
libxml2-devel-2.9.3-1 - libxml2-devel: GNOME XML library (development) (installed binaries and support files)
libxml2-devel-2.9.4-1 - libxml2-devel: GNOME XML library (development) (installed binaries and support files)
libxml2-devel-2.9.4-2 - libxml2-devel: GNOME XML library (development)
...
Правильный способ установки пакета libxml2-devel
- использовать программу установки cygwin