объединить 2 текстовых файла с различным количеством строк в файл csv

То, о чем вы просите, на самом деле не дерево, а график. В частности, это прямой ациклический график (DAG). Здесь это ссылка, говорящая о хранении DAG в реляционной базе данных.

Возможно, было бы проще просто пойти с традиционной древовидной структурой для категорий и позволить элементам быть в нескольких категориях с помощью таблицы ссылок на категории / категории.