Удаление выпадающих значений создает пустые значения в панде

Ваше понимание верно. Он удаляет выбросы и заменяет их на NaN:

np.random.seed(0)
df = pd.DataFrame(np.random.normal(0,1,(100,10)))

idx = np.abs(df - df.mean()) <= (3*df.std())
outlier_locations = np.where(idx == False)
df1 = df[idx]

print(outlier_locations)

    (array([58]), array([9]))

Если вы ожидаете, что df1 будет содержать меньше записей, чем df, то, возможно, вы хотите удалить строки или столбцы, содержащие выбросы, или просто удалить запись в строке, так что вы останетесь с рваными массивами.