передача входного значения непосредственно в функцию внутри цикла

Один из вариантов - передать Bar.class (или любой другой тип, который вас интересует, любым способом указания соответствующей ссылки Class<T>) и сохранить это значение как поле:

public class Test
{   
    public static void main(String [] args)
        throws Exception // Just for simplicity!
    {
        Generic<Bar> x = new Generic<Bar>(Bar.class);
        Bar y = x.buildOne();
    }
}

public class Generic<T>
{
    private Class<T> clazz;

    public Generic(Class<T> clazz)
    {
        this.clazz = clazz;
    }

    public T buildOne() throws InstantiationException,
        IllegalAccessException
    {
        return clazz.newInstance();
    }
}

public class Bar
{
    public Bar()
    {
        System.out.println("Constructing");
    }
}

Другой вариант - иметь «фабричный» интерфейс, и вы передаете фабрику конструктору универсального класса. Это более гибко, и вам не нужно беспокоиться об исключениях отражения.