Кто-нибудь использовал COPASI через командную строку?

Это должно работать:

legend(numpoints=1)

BTW, если вы добавите строку

legend.numpoints     : 1      # the number of points in the legend line

в ваш файл matplotlibrc, тогда это будет новый по умолчанию.

[См. также точки рассеяния в зависимости от вашего графика.]

API: Ссылка на документы API