Я думаю, что самое простое правило:
RedirectMatch 403 ^.*/sub/folder/index\.php$
RedirectMatch находится в модуле mod_alias, который вы, безусловно, имеете. Это не означает двигатель mod_rewrite. Здесь мы просто говорим apache, что любой доступ к sub / folder / index.php будет генерировать «403 запрещенный» ответ.
Вы можете поместить это в httpd.conf или в корневой .htaccess (но действительно считаю, что удалить все .htaccess, это плохо, это медленно, грустно, что у вас нет доступа к реальным файлам конфигурации).