Я не знаю, какую ценность вы здесь передаете.
$today->month
Вместо этого $ сегодня-> месяц вы должны указать здесь точный месяц
Пожалуйста, попробуйте это
$indebted = DB::table('students')->where('students.active',1)
->leftJoin('payments', 'students.id', '=', 'payments.user_id')
->whereMonth('payments.created_at','=', 06)
->get();