fswatch не работает скрипт, отчеты не найдены

Попробуйте gregexpr с perl=TRUE и используйте регулярные выражения perl с прогнозными утверждениями (см. ?regex):

gregexpr("(?=CC)","CCCGTGCC",perl=TRUE)
[[1]]
[1] 1 2 7
attr(,"match.length")
[1] 0 0 0