Замените некоторые значения в кадре данных на NaN, если индекс строки не существует в другом кадре данных

Сначала мы создаем маску с pandas.DataFrame.isin

После этого мы используем np.where и просим об обратном с ~

Объяснение :
np.where работает следующим образом: np.where(condition, value if true, value if false)