РЕДАКТИРОВАТЬ: ответ от @Archer, кажется, исправляет это. (пожалуйста, проголосуйте за него, потому что у меня недостаточно очков для этого).
Чтобы узнать больше об ошибке, щелкните здесь: http://www.viget.com/inspire/webkit-transform-kill-the-flash/
Мою проблему нелегко объяснить. Я составил тестовый пример на jsfiddle. Вы можете найти ссылку внизу этого текста.
Прежде чем щелкнуть ссылку демонстрации, имейте в виду следующее:
Убедитесь, что вы используете Google Chrome. (из-за префиксов -webkit в CSS).
Обратите внимание при первом нажатии оранжевой кнопки. Перед началом анимации вы должны увидеть что-то вроде короткой вспышки. При повторной попытке (после нажатия на кнопку сброса) все ок, экран не мигает. Но если вы очистите кеш браузера (CTRL-SHIFT-DEL), закроете браузер и перезагрузите страницу, сбой снова появится.
Надеюсь, я ясно объяснил это.
ДЕМО: http://jsfiddle.net/NKQNX/14/
(извините за орфографию, английский не мой родной язык)