Что документация по сборке sbt подразумевает под "ldquo; уже частью контейнера?"

Это означает, что конкретный целевой узел (контейнер , такой как Spark) уже имеет все необходимые jar-файлы, и нет необходимости включать эти же jar-файлы в сборку.

В этом смысл при условии области видимости, то есть в работающей среде предоставляется определенная библиотека, и поэтому не включайте ее в финальную флягу, просто сделайте ссылку на нее.