b a и порядок фильтра sos различаются в случае фильтрафильта?

Вы не можете отправлять сложные типы в качестве параметров перенаправления в MVC, только примитивные типы, такие как числа и строки

Используйте TempData для передачи массива

...
if (reject != 0) {
    TempData["CheckedRecords"] = yourArray;
    return RedirectToAction("Index", new { filter = filterValue });
}
...

public ActionResult Index(string filter) {
    int[] newArrayVariable;
    if(TempData["CheckedRecords"] != null) {
        newArrayVariable = (int[])TempData["CheckedRecords"];
    }
    //rest of your code here
}