r удалить элементы из списка во фрейме данных

Вот вариант с tidyverse. Используя map2 из purrr, переберите соответствующие «списки» столбцов list с помощью «Id» и получите элементы, которые не найдены в «Id», с помощью setdiff

library(tidyverse)
df1 %>%
    mutate(lists = map2(lists, Id, setdiff))
#   Id   lists
#1  1 5, 2, 3
#2  2    3, 4

df1 <- structure(list(Id = 1:2, lists = list(c(5, 2, 3), c(2, 3, 4))), 
  row.names = c(NA, 
 -2L), class = "data.frame")