Я думаю, что-то вроде:
aves = [sum(data[i:i+6]) for i in range(0, len(data), 5)]
Но мне всегда нужно дважды проверять, что индексы делают то, что я ожидаю. Диапазон, который вы хотите (0, 5, 10, ...) и данные [0: 6], предоставят вам данные [0] ... данные [5]
ETA: oops, и вы Конечно, хотите аве, а не суммировать. Так что, фактически, используя ваш код и формулу:
r = 5
x = data[:,0]
y1 = data[:,1]
y2 = [ave(y1[i-r:i+r]) for i in range(r, len(y1), 2*r)]
y = [y1, y2]