2 выход нейронной сети как вход третьей нейронной сети

Это потому, что у Emplyee может быть коллекция другой сущности. Квалификация и квалификация могут иметь некоторые другие университеты коллекции, например

public class Employee{
public virtual ICollection<Qualification> Qualifications {get;set;}

}

public class Qualification{

public Employee Employee {get;set;}

public virtual ICollection<University> Universities {get;set;}

}

public class University{

public Qualification Qualification {get;set;}

}

В DataContext это может быть как ниже

protected override void OnModelCreating(DbModelBuilder modelBuilder){

modelBuilder.Entity<Qualification>().HasRequired(x=> x.Employee).WithMany(e => e.Qualifications);
modelBuilder.Entity<University>.HasRequired(x => x.Qualification).WithMany(e => e.Universities);

}

, в этом случае есть цепочка от Employee to Qualification и От квалификации до университетов. Таким образом, это бросало мне такое же исключение.

Это сработало для меня, когда я изменил

    modelBuilder.Entity<Qualification>().**HasRequired**(x=> x.Employee).WithMany(e => e.Qualifications); 

To

    modelBuilder.Entity<Qualification>().**HasOptional**(x=> x.Employee).WithMany(e => e.Qualifications);