Сохранение целостности между двумя отдельными хранилищами данных во время резервного копирования (MySQL и MongoDB)

У меня есть приложение, которое я разработал, где реляционные данные находятся и естественным образом вписываются в MySQL. У меня есть другие данные с постоянно меняющейся схемой и без реляционных данных, поэтому я решил, что естественным способом хранения этих данных будет MongoDB в виде документа. Моя проблема заключается в том, что один из моих документов ссылается на первичный идентификатор MySQL. До сих пор это работало без каких-либо проблем. Меня беспокоит то, что когда приходит производственный трафик и мы начинаем работать с резервными копиями, может возникнуть несогласованность, поскольку при изменении документа он может не указывать на правильный идентификатор в базе данных MySQL. Единственный способ гарантировать это в определенной степени — закрыть приложение и сделать резервную копию, что не имеет особого смысла.

Должны быть другие люди, использующие аналогичную стратегию. Как лучше всего обеспечить целостность данных между двумя хранилищами данных, особенно во время резервного копирования?