Создать копию exe с другим ресурсом во время выполнения

Мы хотели бы предложить нашим клиентам возможность создавать собственные исполняемые файлы на основе наших для их клиентов.

т.е. в основном возможность сделать копию exe с другим встроенным в него конфигурационным файлом xml. «Включить его в установку» не вариант — мы хотим, чтобы это выглядело так, как будто это было сделано на заказ для клиентов нашего клиента.

В настоящее время я думаю о написании dll во время выполнения, включая ресурс (используя AssemblyBuilder), а затем вызывая ILMerge для встраивания ее в окончательный exe, но это немного более хакерски, чем мне хотелось бы.

Так что это высокий вопрос, но, возможно, все же стоит спросить: существует ли библиотека .NET, которая позволяет изменять ресурсы .NET exe, что могло бы избежать всего бита «dll, содержащего ресурс, встроенный в ILMerge»?

Или, альтернативно, есть ли лучший подход к этому, который по-прежнему соответствует заявленным целям?