Быстрая вставка фрейма данных pandas в БД Postgres с помощью psycopg2

Я пытаюсь вставить pandasDataFrame в базу данных Postgresql (9.1). ) наиболее эффективным способом (используя Python 2.7).
Использование «cursor.execute_many» очень медленное, как и «DataFrame.to_csv(buffer,...)» вместе с «copy_from».
Я нашел уже многое! более быстрое решение в Интернете (http://eatthedots.blogspot.de/2008/08/faking-read-support-for-psycopgs.html), которое я адаптировал для работы с пандами.
Мой код можно найти ниже.
Мой вопрос заключается в том, можно ли легко перенести метод этого связанного вопроса (с использованием «копирования из стандартного ввода с двоичным файлом») для работы с DataFrames и будет ли это намного быстрее.
Использование двоичной таблицы COPY FROM с psycopg2
К сожалению, моих знаний Python недостаточно, чтобы понять реализацию этого подхода.
Вот мой подход:


import psycopg2
import connectDB # this is simply a module that returns a connection to the db
from datetime import datetime

class ReadFaker:
    """
    This could be extended to include the index column optionally. Right now the index
    is not inserted
    """
    def __init__(self, data):
        self.iter = data.itertuples()

    def readline(self, size=None):
        try:
            line = self.iter.next()[1:]  # element 0 is the index
            row = '\t'.join(x.encode('utf8') if isinstance(x, unicode) else str(x) for x in line) + '\n'
        # in my case all strings in line are unicode objects.
        except StopIteration:
            return ''
        else:
            return row

    read = readline

def insert(df, table, con=None, columns = None):

    time1 = datetime.now()
    close_con = False
    if not con:
        try:
            con = connectDB.getCon()   ###dbLoader returns a connection with my settings
            close_con = True
        except psycopg2.Error, e:
            print e.pgerror
            print e.pgcode
            return "failed"
    inserted_rows = df.shape[0]
    data = ReadFaker(df)

    try:
        curs = con.cursor()
        print 'inserting %s entries into %s ...' % (inserted_rows, table)
        if columns is not None:
            curs.copy_from(data, table, null='nan', columns=[col for col in columns])
        else:
            curs.copy_from(data, table, null='nan')
        con.commit()
        curs.close()
        if close_con:
            con.close()
    except psycopg2.Error, e:
        print e.pgerror
        print e.pgcode
        con.rollback()
        if close_con:
            con.close()
        return "failed"

    time2 = datetime.now()
    print time2 - time1
    return inserted_rows

6
задан Community 23 May 2017 в 11:53
поделиться