Как программно иметь несколько файлов cookie для аутентификации для одного приложения

Я пишу систему управления контентом, в которой пользователь может создавать несколько сайтов внутри приложения. Каждый сайт может иметь аутентификацию. Я пытаюсь понять, как иметь несколько файлов cookie для аутентификации для приложения, не добавляя каждый из них в файл web.config. Мне нужно создать их программно при запуске приложения. Это возможно?

Пр.

SecureApp: http://localhost/CTMS— требуется аутентификация для обновления сайтов

CustomSite: http://localhost/CTMS/Custom1— требуется аутентификация отдельно от SecureApp

Надеюсь, это имеет смысл.