Подсчет колоний на чашке Петри

У меня есть куча чашек Петри с точками, которые Я хотел бы считать в Matlab. Можно ли это сделать надежно и в пакетном режиме?

На этой чашке 352 колонии.

Я попробовал ImageJ, но мне нужно немного обрезать границы и получить разные результаты.

Есть предложения?