PKG_CHECK_MODULES считаются вредоносными?

Различные разработчики не рекомендуют использовать PKG_CHECK_MODULES(например, в этот ответ), но нет четкого, исчерпывающего объяснения их причин насколько я искал. Итак, я спрашиваю:

• Почему PKG_CHECK_MODULESможет быть вредным?
• Какие есть альтернативы?

Я, например, впервые использовал его сегодня. Я нашел его бесценно полезным, особенно для работы с довольно сложными наборами библиотек, такими как GTK+, где у меня есть все эти зависимости:

-I/usr/lib/i386-linux-gnu/gtk-2.0/include -I/usr/include/atk-1.0
-I/usr/include/cairo -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/pango-1.0 
-I/usr/include/gio-unix-2.0/ -I/usr/include/glib-2.0 
-I/usr/lib/i386-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/pixman-1 
-I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng12

-lgdk-x11-2.0 -latk-1.0 -lgio-2.0 -lpangoft2-1.0 -lpangocairo-1.0 -lgdk_pixbuf-2.0 
-lcairo -lpango-1.0 -lfreetype -lfontconfig -lgobject-2.0 -lgmodule-2.0
-lgthread-2.0 -lrt -lglib-2.0