Есть еще один, возможно, более чистый способ сделать это. Вместо того, чтобы иметь файлы sub .gitignore в папках, которые вы хотите сохранить. Вы можете поместить это в корневой .gitignore следующим образом:
application/cache/*
application/cache/folder/*
application/cache/folder/onemorefolder/*
!*.gitkeep
Теперь просто создайте и запустите файлы .gitkeep в каталогах, как указано выше. Затем папка будет отслежена с этими файлами .gitkeep, но ни одно из содержимого не будет отслежено.