Это не поддерживается. В принципе, вы можете работать с файлом jar, но нет гарантии, что новое содержимое будет правильно загружено. Пусть ваши инструменты сборки управляют файлом jar - и выберите что-то еще для постоянной памяти, управляемой вашей программой. Как файл.
Мне удалось заставить его работать, собрав в образ dockerfile со всей базой данных sqlite, затем запустив его, а когда он закончил, используйте $ docker cp, чтобы скопировать обновленную базу данных в локальную папку.
Тем не менее, я все еще открыт для оптимизированных методов.