Модель с несколькими входами Keras, приводящая к низкой точности (моя модель неверна?)

Попробуйте String.translate.

>>> "Hey look words".translate(None, 'aeiouAEIOU')
'Hy lk wrds'

string.translate (s, table [, deletechars])

Удалить все символы из s, которые находятся в deletechars ( если есть), а затем перевести символы с помощью таблицы, которая должна быть 256-символьной строкой, дающей перевод для каждого символьного значения, индексированный его порядковым номером. Если таблица None, то выполняется только шаг удаления символа.

https://docs.python.org/2/library/string.html#string.Template. замените

Или, если вы используете newfangled Python 3:

>>> table = str.maketrans(dict.fromkeys('aeiouAEIOU'))
>>> "Hey look words.translate(table)
'Hy lk wrds'