Как я могу изучить все исходное дерево с помощью процессора аннотаций?

У меня есть много классов обработчиков, которые обрабатывают определенные типы сообщений. Чтобы зарегистрировать все эти обработчики, мне нужно знать, какие из них существуют. В настоящее время все они аннотированы определенной аннотацией, и я использую процессор аннотаций Java 6, чтобы получить их все и создать класс Register, который содержит экземпляр каждого из аннотированных типов.

Это прекрасно работает, если все дерево строится сразу, но если строится только один из аннотированных классов (например, когда я сохраняю файл в Eclipse), процессор видит только этот тип и строит неполный реестр. Как я могу изучить другие типы в этом сценарии?