mPdf удаляет все предыдущие файлы автоматически

Просто вызовите метод pack () после установки ContentPane, (java 1.7, может быть, старше) следующим образом:

JFrame frame = new JFrame();  
JPanel panel1 = new JPanel(); 
JPanel panel2 = new JPanel(); 
....
frame.setContentPane(panel1);
frame.pack();
...

frame.setContentPane(panel2);
frame.pack();
...