@PropertySource
не поддерживает YAML (вероятно, это будет весной 4.1). Вы можете установить spring.config.location
или spring.config.name
в список, разделенный запятыми (например, как системное свойство или аргумент командной строки).
Лично мне нравится все мое ЯМЛ в одном и том же месте (структура действительно помогает разбить его визуально, и вы можете использовать документы внутри файла, чтобы разделить его больше). Это просто вкус, я думаю.