Как указать InnoSetup не удалять (текстовые) файлы, которые были изменены пользователем (== отличаются от установленных InnoSetup)?
Или, может быть, сложнее: при установке новой версии поверх существующей InnoSetup должен спрашивать пользователя, следует ли перезаписывать измененный файл, но при чистой деинсталляции он должен удалить его без запроса.