pyinstaller с нетривиальным структурой каталогов

Я написал простое веб-приложение со встроенным веб-сервером (tornado), базой данных (на данный момент sqlalchemy с использованием sqlite) и всем остальным. Я хотел бы собрать все это в один автономный каталог с одним исполняемым файлом, который можно запустить. Сценарий развертывания абсолютно требует установки и запуска в один клик.

Мне абсолютно не удалось заставить py2exe или pyinstaller собрать мой код. Проблема напрямую связана со структурой и расположением каталогов, которая выглядит следующим образом. Я не хочу сильно менять структуру каталога. Может ли кто-нибудь предложить, как я могу получить это с помощью py2exe, pyinstaller или любого другого подходящего инструмента?

project/
|-> main.py

|-> libs/
    |-> tornado/ (The full git rep as a submodule)
        |-> tornado/ (The actual package)
    |-> sqlalchemy/

|-> src/
    |-> support-1.py
    |-> support-2.py

|-> static/
    -> js/
    -> img/
    -> css/

|-> templates/