У меня есть следующее оператор select (с использованием sqlite3 и модуля pysqlite):

self.cursor.execute("SELECT precursor_id FROM MSMS_precursor "+
  "JOIN spectrum ON spectrum_id = spectrum_spectrum_id "+
  "WHERE spectrum_id = spectrum_spectrum_id "+
  "AND ROUND(ion_mz,9) = ? AND ROUND(scan_start_time,4) = ? "+
  "AND msrun_msrun_id = ?", select_inputValues)

Это занимает 55 секунд при запуске в Python. При запуске непосредственно в командной строке SQLite это занимает всего 15 мс. Теперь я заметил, что на этом шаге программа Python переходит в непрерывный сон (31283 ndeklein 18 0 126m 24m 3192 D 1.0 0.0 2:02.50 python, D в верхнем выводе), и он снижается со 100% ЦП до примерно 1% ЦП. Теперь, когда я заметил это во время этого запроса, я также просмотрел верхний вывод при выполнении запроса, о котором я спросил здесь.В это время top также показывает, что он переходит в непрерывный сон, хотя он переключается между R и D и замедляется только примерно до 50% (он колеблется в зависимости от того, находится ли он в статусе D или R).

Так что теперь я думаю, что именно это замедляет мои запросы (пожалуйста, поправьте меня, если непрерывный сон не имеет ничего общего со скоростью программ). Если это так, то как сделать так, чтобы программа не переходила в этот статус?

Обновление 1:

EXPLAIN QUERY PLAN с использованием Python вернул:

(0, 0, 1, u'SCAN TABLE spectrum (~50000 rows)')

EXPLAIN QUERY PLAN с использованием командной строки sqlite вернул:

0|0|1|SCAN TABLE spectrum (~50000 rows)
0|1|0|SEARCH TABLE MSMS_precursor USING INDEX fk_MSMS_precursor_spectrum_spectrum_id_1 (spectrum_spectrum_id=?) (~2 rows)

EXPLAIN с использованием Python вернул:

(0, u'Trace', 0, 0, 0, u'', u'00', None)

EXPLAIN с использованием sqlite вернул:

0|Trace|0|0|0||00|
1|Real|0|1|0|438.718658447|00|
2|Real|0|2|0|692.6345000000001|00|
3|Integer|1|3|0||00|
4|Goto|0|39|0||00|
5|OpenRead|1|33|0|13|00|
6|OpenRead|0|39|0|5|00|
7|OpenRead|2|41|0|keyinfo(1,BINARY)|00|
8|Rewind|1|35|0||00|
9|Column|1|8|5||00|
10|RealAffinity|5|0|0||00|
11|Integer|4|6|0||00|
12|Function|2|5|4|round(2)|02|
13|Ne|2|34|4||6a|
14|Column|1|12|4||00|
15|Ne|3|34|4|collseq(BINARY)|6c|
16|Column|1|0|8||00|
17|IsNull|8|34|0||00|
18|Affinity|8|1|0|d|00|
19|SeekGe|2|34|8|1|00|
20|IdxGE|2|34|8|1|01|
21|IdxRowid|2|7|0||00|
22|Seek|0|7|0||00|
23|Column|1|0|9||00|
24|Column|2|0|10||00|
25|Ne|10|33|9|collseq(BINARY)|6b|
26|Column|0|1|5||00|
27|RealAffinity|5|0|0||00|
28|Integer|9|6|0||00|
29|Function|2|5|11|round(2)|02|
30|Ne|1|33|11||6a|
31|Column|0|0|13||00|
32|ResultRow|13|1|0||00|
33|Next|2|20|0||00|
34|Next|1|9|0||01|
35|Close|1|0|0||00|
36|Close|0|0|0||00|
37|Close|2|0|0||00|
38|Halt|0|0|0||00|
39|Transaction|0|0|0||00|
40|VerifyCookie|0|31|0||00|
41|TableLock|0|33|0|spectrum|00|
42|TableLock|0|39|0|MSMS_precursor|00|
43|Goto|0|5|0||00|

И iostat вернул:

io-bash-3.2$ iostat
Linux 2.6.18-194.26.1.el5 (ningal.cluster.lifesci.ac.uk)         06/04/2012

avg-cpu:  %user   %nice %system %iowait  %steal   %idle
           14.35    0.00    0.30    0.01    0.00   85.34

Device:            tps   Blk_read/s   Blk_wrtn/s   Blk_read   Blk_wrtn
sda               1.16         4.55        17.22    1520566    5752802
sda1              0.00         0.02         0.00       5074         34
sda2              1.16         4.53        17.22    1515184    5752768
sdb               0.00         0.02         0.00       5108          0
dm-0              2.29         3.88        16.70    1297226    5579336
dm-1              0.00         0.00         0.00        928          0
dm-2              0.11         0.65         0.52     216106     173432

Обновление 2

Я перенес базу данных в MySQL, и здесь запрос занимает всего около 0,001 секунды, хотя для всех других запросов, которые я выполняю, он на самом деле медленнее, чем sqlite (я оптимизировал для sqlite, так что это может быть, а может и не быть удивительным).