Я использую сценарий Python, работающий в сборке Python Cygwin, для создания команд, выдаваемых родным утилитам Windows (не поддерживающим Cygwin). Это требует преобразования параметров пути из POSIX в форму WIN перед выполнением команды.
Вызов утилиты cygpath — лучший способ сделать это, так как она использует Cygwin, чтобы делать то, что нужно, но это также немного ужасает (и медленно).
Я уже использую сборку Python для Cygwin, так что код для преобразования присутствует. Похоже, должно быть специальное расширение для Cygwin/Python, которое дает мне возможность использовать эту возможность прямо в Python, без необходимости запускать совершенно новый процесс.