subprocess.check_call
удобно, если вы не хотите проверять возвращаемые значения. Он генерирует исключение при любой ошибке.
Символом «новой строки» Word является ANSI 11. Скорее всего, получатель на сервере не знает, что делать с этим символом, интерпретирует его как можно лучше и возвращает строку в Word с символом Word в свою очередь, не может правильно интерпретировать.
Лучше всего было бы заменить этот элемент чем-то при отправке строки и заменить его, когда строка возвращается с ANSI 11.