Вы не можете сливаться с локальными изменениями. Git защищает вас от потери потенциально важных изменений.
У вас есть три варианта:
git commit -m "My message"
git stash
Сделайте слияние, а затем потяните stash: git stash pop
git reset --hard
или git checkout -t -f remote/branch
git checkout filename