Почему не работают правила в решении для пролога

Сценарий инициализации службы Linux хранится в /etc/init.d. Вы можете скопировать и настроить файл /etc/init.d/skeleton, а затем вызвать

service [yourservice] start|stop|restart

см. http://www.ralfebert.de/blog/java/debian_daemon/ . Его для Debian (так, Ubuntu также), но подходит для большего распространения.