В Ubuntu Apache использует /etc/php5/apache2/php.ini
, а в командной строке используется /etc/php5/cli/php.ini
. Это связано с вашей ОС, а не с Symfony2.
У вас должен быть запущен ssh на машине, в которую вам нужно войти. Вы можете найти больше информации о том, как установить связь между докерами здесь