Если вы используете JPQL, используйте JOIN FETCH - это самый простой способ: http://www.objectdb.com/java/jpa/query/jpql/from#LEFT_OUTER_INNER_JOIN_FETCH_
Используйте службы интеграции SQL Server (SSIS), которые запускают задания в агенте SQL. SSIS поддерживает любой источник данных OLE-DB или ODBC, просто укажите экземпляр SQL Server в качестве места назначения.
Вот пример использования Firebird, SSIS и InterBase - но вы можете пропустить части для InterBase: https://www.ibprovider.com/eng/documentation/ssis_firebird_interbase.html