В чем разница между .click() и нажатием кнопки? (javascript/jQuery)

Я пытаюсь разобраться в этой странной проблеме, которая возникла у меня, и основной причиной является разница между кликом в реальном времени и запуск .click().

Я не буду вдаваться в подробности проблемы, но в основном, когда вы нажимаете на кнопку ввода, она работает нормально (имеет событие onclick). Но если я вызову .click()откуда-то еще (вместо того, чтобы физически щелкнуть кнопку), это не сработает должным образом.

У меня вопрос: есть ли способ действительно воспроизвести фактическое нажатие кнопки?

РЕДАКТИРОВАТЬ

Проблема: я открываю новое окно (страницу aspx), которое загружает встроенный PDF-файл. Если я действительно нажму на ссылку, окно откроется нормально, и PDF-файл загрузится. Если я использую .click(), окно открывается, и мне предлагается загрузить файл PDF. Я просмотрел настройки Adobe Reader, настройки браузера и настройки реестра в отношении подсказок. Я понимаю, что они могут влиять на общую картину, но сейчас меня беспокоит, почему поведение между щелчком мыши и .click() вообще делает что-то другое.