Если вы завершаете свои маршруты следующим образом:
module.exports = function(){
router.get('/',(req,res)=>{
res.send('stuff');
}
}
Вам необходимо передать «приложение и паспорт» на ваши маршруты следующим образом:
module.exports = function(app,passport){
//routes n stuff
}