У меня проблема очень похожая на http://camel.465427.n5.nabble.com/FTP-ConsumerTemplate-Threads-remaining-alive-td5548338.html.
Как закрыть заблокированные потоки Camel на разных конечных точках? Я попытался удалить конечные точки и остановить ConsumerTemplate после установки doneUoW, но это не сработало.