Время выполнения цикла for с доступом к массиву

Если вы не хотите этого поведения, не используйте факторы, используйте вместо него векторы символов. Я думаю, что это имеет больше смысла, чем исправление. Попробуйте выполнить следующие действия перед загрузкой данных с помощью read.table или read.csv:

options(stringsAsFactors = FALSE)

Недостатком является то, что вы ограничены алфавитным порядком. (переупорядочить ваш друг для сюжетов)