У меня такая же проблема. Только добавление аннотации @EnableJpaRepositories может решить проблему. Я попытался определить basePackages в @SpringBootApplication, но безрезультатно. Я думаю, что пакет класса Application загружается в процесс сканирования JpaRepositories, но другие пакеты, определенные в @SpringBootApplication, игнорируются. Это похоже на ошибку / улучшение Spring Boot.