Быстрая альтернатива grep -f

файл.contain.query.txt

ENST001

ENST002

ENST003

файл.для.поиска.в.txt

ENST001  90

ENST002  80

ENST004  50

Поскольку у ENST003 нет записи во втором файле, а у ENST004 нет записи в первом файле, ожидаемый результат будет:

ENST001 90

ENST002 80

Чтобы выполнить множественный запрос в конкретном файле, мы обычно делаем следующее:

grep -f file.contain.query <file.to.search.in >output.file

так как у меня около 10000 запросов и почти 100000 необработанных файлов в file.to.search.in, это занимает очень много времени (, например, 5 часов ). Есть ли быстрая альтернатива grep -f ?