База данных PHP MySQL два запроса на одну и ту же таблицу одновременно

Да, это может быть такая ситуация. Чтобы избежать этого, используйте LOCK / UNLOCK TABLE

$user = User::find(1);
if($user['balance']>250) {
    User::lockTable(); // method name/use depends on your framework
    // Here for example long loop
    $user->update([
        'balance' => DB:raw('balance - 100')
    ]);
    User::unlockTable();
}