Файл перезаписывается после закрытия при запуске конвейера луча в DataFlow

Это зависит от установленного MTU (Maximum transfer unit). Если ваше установившееся соединение (однажды рукопожатие) относится к MTU размером 512 байт, вам понадобятся два или более TCP-пакетов для отправки 1000 байт.