Это работает для меня снаружи стручка:
kubectl exec PODNAME-mongo-0 -- bash -c 'mongo localhost:27017 --eval "rs.initiate({_id:\"YOURREPLICASETNAME\",members:[{\"_id\":1,\"host\":\"YOUR-NODE-1-NAME:27017\",\"priority\":10}, {\"_id\":2,\"host\":\"YOUR-NODE-2-NAME:27017\",\"priority\":5}]})"'