Еще один вариант файла не найден, из-за пробелов в пути. В моем случае в скрипте msbuild. Мне нужно было использовать стиль HTML & ampquot; строки в команде exec.
<!-- Needs quotes example with my Buildscript.msbuild file -->
<Exec Command=""$(MSBuildThisFileDirectory)\wix\wixscript.bat" $(VersionNumber) $(VersionNumberShort)"
ContinueOnError="false"
IgnoreExitCode="false"
WorkingDirectory="$(MSBuildProjectDirectory)\wix" />