Моя точная ошибка была
The command "iscc /DConfigurationName=Debug "C:\Projects\Blahblahblah\setup.iss"" exited with code 9009.
9009 означает, что файл не найден, но на самом деле он не смог найти часть «iscc» команды.
Я исправил его, добавив ";C:\Program Files\Inno Setup 5 (x86)\"
в переменную системной среды "path"