угловая проверка, была ли прокрутка запущена вручную или из скрипта

Просто добавьте флаг и установите его в false перед ручной прокруткой.

Не забудьте установить флаг в true в вашем обработчике прокрутки

private handleScroll = true;

@HostListener('scroll', ['$event'])
onScroll($event) {
  if (!this.handleScroll) {
    this.handleScroll = true;
    return;
  }
}

public manualScroller() {
  this.handleScroll = false;

  this.element.scrollTop = 100;
}