Попробуйте этот фрагмент кода.
/* writing string into a binary file */
fstream ifs;
ifs.open ("c:/filename.exe", fstream::binary | fstream::in | fstream::out);
if (ifs.is_open())
{
ifs.write("string to binary", strlen("string to binary"));
ifs.close();
}
Здесь - хороший пример.